Przełomowym dla białogardzkich Żydów był rok 1938. To właśnie wtedy swą posługę zakończył ostatni białogardzki rabin – Nathan Lachmann. W listopadzie, w czasie niesławnej „Nocy Kryształowej”, zdewastowano m.in. cmentarz żydowski przy ul. Połczyńskiej. Niedługo potem przeważającą część gminy żydowskiej zmuszono do emigracji. Synagogę nad Liśnicą przejęło NSDAP, urządzając tam najpierw siłownię, a następnie mieszkania (niszczejący budynek rozebrano ostatecznie na przełomie 1989 i 1990 r.).
Ci Żydzi, którzy zdecydowali się pozostać w mieście po 1939 r. (8 starszych osób, urodzonych między 1854 a 1894 r.; w całym powiecie na nieco ponad 77 tys. mieszkańców, zaledwie 71 było Żydami), z czasem podzielili los swych pobratymców w innych częściach Niemiec. Dwa lata później nakazano im nosić opaski bądź naszywki z wizerunkiem Gwiazdy Dawida. W 1942 r. do getta w czeskim Terezinie (Theresienstadt) deportowano Idę Gute, Emmę Neuweck, Marthę Wolf oraz Georga Oschinskyego. Trafił tam także, znany przed wojną, 72-letni kupiec Paul Jaroczynski, którego rok później zamordowano w Oświęcimiu. Prawdopodobnie jedynymi Żydami, którym udało się ukryć przed prześladowaniami, była rodzina dentysty, dr. Rudolpha. Doczekała ona zajęcia miasta przez Armię Czerwoną w marcu 1945 r. i kilka tygodni później wyjechała do Niemiec Zachodnich.